Funktioniert denn der Bootloader, oder das Programm, alleine ?
Passen die Einstellungen zum/im verwendeten Controller in den Ausgangsprogrammen ?

Das mit den FF's hätte man sich in der Hex-Datei sparen können, denn eine Zeile FF' kann man ruhig weglassen, da in jeder Zeile die Adresse vorkommt, es also kein Problem ist ein paar Adressen auszulassen

Warum soll überhaupt beides auf diese Weise in den Controller übertragen werden, und nicht hintereinander mit laufendem Bootloader ?