Laut Datenblatt des Encoders sollte das Prellen unter 5 ms sein. Ich weiß nicht, ob du den Impuls von MF gemessen hast. Vielleicht ist es bei R=100k und C=100nF schon zu lang? Ich habe beim PIC eine Verzögerung um 10 ms benutzt und es hat einwandfrei funktioniert.

MfG