Der Link hat eigentlich eine relativ gute Beschreibung. Der Offsetabgleich ist eigentlich relativ einfach:

Das Signal wird per Kondensator (ca. 1-10 nF) an den Controller gekoppelt. Entweder zu Anfang einer Zeile, oder nach jedem Pixel wird dem CCD gesagt das die Nullreferenz anliegen soll. Dann wird der AD Eingang (oder komperator) kurz auf Ausgang und low geschaltet. Dadurch Speicher der Kondensator die Offsetspannung. Danach wird wieder auf Eingang geschaltet und dann die zu messende Intensität ausgelesen. Durch den Kondensator in Reihe fällt die Offsetspannung dann weg.

Der Takt zum Weiterschieben der Daten muß auch nicht die ganze Zeit gleich sein. Den uninteressanten Teil kann man schnell durchschiebe und sich dann beim interessanten teil Zeit für den AD Wandler lassen. Wenn es nur um eine Schranke geht, kann man auch den AVR internen Komperator nehmen.