3,6864MHz bedeutet 3,6864 Mio. Clocks / s.

Hz = 1/s

Timer0 hat leider kein Compare Register, du musst also Timer2 verwenden.
Wenn du bei Timer2 nun nen Prescaler von 1024 einstellst, hast du am Timer2 noch genau 3,6kHz. Jetzt musst du ins Compare Register (OCR2) nur noch den Wert 3600 schreiben und schon hast du exakt jede Sekunde nen Compare-Match. Allerdings musst du den CTC-Mode beim Timer2 wählen!

Genaueres am besten einfach im Datenblatt vom Mega8 nachlesen!

EDIT: Da merke ich grade, 3600 passt da leider gar nicht rein, weils ein 8Bit Timer ist!