Hallo,

ich würde im allgemeinen den Mikrocontroller mit einer Diode und einem etwas größeren Elko (keine 20000µF, eher 470µ oder ähnlich) puffern. Zudem würde ich die Überstromabschaltung beschleunigen, das der Kurzschlussfall nicht so lange andauert und somit die Versorgung nicht so lange unterbleibt.

Andere Varinte:
Stromversorgung von Motor und Mikrocontroller strickt trennen (2 Netzteile oder Fahrakku und Steuerungsakku.

Gruß, Volker