Ich wäre mir da aber nicht Sicher, ob Du mit dem Warten auf das Zeichen auch synchron bist, wenn Du alle Zeichen im Puffer lässt ?
Denn beim auslesen wird immer das älteste Zeichen kommen, nicht unbedingt das was nach dem erkannten Zeichen kommt.

Schau aber mal nach Clear ob man das in der Bytematchroutine anwenden kann.

Und vor jedem einlesen eines Zeichens mit Ischarwaiting abfragen ob das nächste Zeichen schon da ist, die UART ist nicht so schnell wie der µC.