Na sicher. Wenn Du den Bootloader aufspielst, dann wird alles gelöscht, sodass der Code des Bootloaders das erste ist, worauf der AVR beim Booten stößt. Wenn Du jetzt aber ein Programm darauf spielst, dann findet der AVR dessen Code zuerst und kommt gar nicht mehr zum Bootloader. Demnach passt die Einsprungadresse nach dem Reset nicht.