Mit ISP braucht der Controller keinen Bootloader! Der ist nur dafür da gewesen, um mit der IR-Schnittstelle flashen zu können.

An die ISP Schnittstelle auf dem Board steckst du ein spezielles ISP-Kabel. Sehr günstig ist das hier:
http://www.shop.robotikhardware.de/s...products_id=41

Und programmiert wird der Chip dann per avrdude oder PonyProg.