Nein, es ist immer noch nur ein Controller vorhanden.

Flashen kannst du entweder per ISP und ISP-Programmierkabel oder seriell über einen Pegelwandler (bspw. Max232). Du kannst natürlich auch die beiden IR-Bauteile wieder an die entsprechenden Pins des Controllers anstecken.

Die Frage ist eher, warum willst du das Eval-Board nachbasteln?