Mir fallen 3 Möglichkeiten ein.
1. Du machst es wie Jaeko sagte
2. Du entfernst die .brd Datei, öffnest den Schematic und erzeugst eine neue Board Datei. Hier sind die Änderungen drinnen, aber das ursprüngliche Layout ist weg.
3. Du entfernst die .sch Datei, in der die Änderungen drin sind (und damit die Änderungen auch) aus dem Eagle Verzeichnis und benennst die datei .s#9 (oder niedrigere Nummer) in .sch um. Hinter den Nummern verbergen sich die letzten Sicherheitskopien.
Hat alles Vor- und Nachteile,
Viel Spass.