Hallo Spurius,
Du verrätst nicht, welchen Prozessor Du programmierst, was die Fehlersuche sehr erschwert. Für den ATmega32 bei 16MHz wäre die TC2-Initialisierung OK für 36kHz; aber ich weiß gerade nicht, bei welchem der AVRs der OC2-Ausgang an PB3 liegt. Kann es sein, dass Du ein falsches Signal abgreifst?
Gruß
Fred
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