Bisher hab ich mit "einfach nur" AVR-GCC gearbeitet. Dazu PonyProg und JFE.
WinAVR ist nur eine Zusammenstellung mehrerer Programme, zu denen auch als Compiler der avr-gcc gehört. Programmers-Notepad ist nur ein Frontend dafür. Wie ich bereits sagte, kannst du es auch genau so machen, wie bisher, wenn du das möchtest.

Jetzt noch die Frage: Was braucht man alles zum compilieren: *.c-Datei mit Hauptcode, Makefile, Lib-Dateien?
Ist von dir abhängig. Notfalls tut es auch eine einzelne C-Datei ohne Makefile. Ist dann nur ziemlich lästig, immer die ganzen Optionen von Hand eintippen zu müssen.

Programmers Notepad will nämlich *.elf oder sowas ähnliches!?
Das ELF-File ist das Endergebnis des ganzen Compilierprozesses. Wahrscheinlich erzeugt dein Makefile noch das alte Format. Erstelle ein neues Makefile. MFILE unterstützt dich dabei.