Das klingt nach einem Windows Problem. Unter XP braucht man ja einen "pseudo-Treiber", der die Ports der LPT für alle freigibt. Soweit ich weiss ist bei Ponyprog eine anderer dabei als bei AVRDude. Eigentlich sollten die aber austauschbar sein.
Es könnte evetnuell auch ein problem mit einem installierten Druckertreiber sein, der dann den LPT Port für sich reserviert.