Der Plan sieht wo weit ganz gut aus. Es fehlen noch ein paar Entkopplungs-Kapazitäten und der Abschlusswiderstand für den CAN-Bus.

Bei Atmel findest Du auf der Produktseite des AT90CAN eine CAN-Library für WINAVR zum runterladen (unter "Software Files" der zweite Download).
Aus dem Paket brauchst Du eigentlich nur den Ordner \libraries\lib_mcu\can, und dort auch nur die can_drv.c und can._lib.c + die dazugehörigen Header. In dem Verzeichnis liegt auch eine kurze Anleitung als pdf.
Etwas Englischkenntnisse sind hier natürlich vorrausgesetzt.

Wenn Du damit Probleme hast, meld Dich wieder.

Gruß,
askazo