Hallo Jens,
das sind gute Nachrichten !

Es gibt wirklich viele PWM Modes, die man ja nach Anwednung nehmen kann.
Da lohnt der Blick ins Dattenblatt.

Was Du da entdeckt hast ist einmal das invertierte und einmal das nicht invertierte Modus.

Ganz einfach , einmal ist bei bei niedrigem Compare Wert auch das PWM Signal "niedrig" und beim hochem Wert hoch, und einmal umgekehrt.
Demnach sollte es egal sein, wo Dein LDR hängt, Du mußt nur den richtigen PWM Modus Wählen.
Falls Du ein Osciloskop zu verfügung hast, lohnt es sich mal den PWM Signal anzuschauen

Was mich noch interessiert, wie gut klappt das, wenn man den ADC Wert direkt in den Compare Register schreibt, ist das Dimmverhalten zufriedenstellend ?

Gruß Sebastian