Ich habe jetzt grade gelesen das man einen LDR direkt über 5V an einen ADC Eingang hängen kann, da er ja auch einen min. Widerstand hat.
wie direkt ? Du mußt schon einen Spannungsteiler aufbauen.

Jetzt muss ich erstmal einen Weg finden diesen Wert Sinnvoll in die PWM einzubinden. Den Zusammenhang sehe ich Momentan noch nicht so richtig.
Schreib Dir mal zur Übung ein Programm, daß den ADC ausliest und den Wert per UART an den Computer schickt, dann weißt Du in etwa im Welchem Wertebereich Du Dich mit Deinem LDR befindest.

Den eingelesenen Wert des ADC kann ich aber doch nicht direkt an den PWM Port weitergeben ?
Naja, zum Testen könnte man das schon machen, allerdings geht nicht die 10 Bit vom ADC in die 8 Bits vom Timer 2 PWM reinpumpen.
Hier könntest Du aber das ADC Ergebnis links ausrichten, ADCL verwerfen und ADCH direkt in OCR2 schreiben.

Gruß Sebastian