jetzt möchte ich das er bei 2,5 V oder etwas Tiefer einen Prozess anstößt.
Wenn das alles ist, warum nimmst du dann nicht den analogen Komparator?

Der kann dir einen Interrupt erzeugen, sobald die Spannung einen bestimmten Wert erreicht. Du musst nur am einen Eingang deine zu messende Spannung und am anderen Eingang eine Referenzspannung (in deinem Fall 2,5V) anlegen.

Ich jedenfalls würde, wenn ich die Zeit messen wollte bis eine bestimmte Spannung erreicht ist, den Port abschalten und sofort danach einen Timer los rennen lassen (sofern noch einer verfügbar ist). Dann muss wenn der Interrupt vom Komparator kommt nurnoch der Zählerstand des Timers ausgelesen werden.