Wenn der Controller läuft ist der Widerstand sinnlos, denn dann zieht der Controller den Eingang aktiv auf GND.
Der Widerstand macht nur sinn für die Einschaltphase. Da braucht es ein paar ms bis der Controller loslegt und solange sind die Eingänge hochohmig. Für LEDs braucht man den Widerstand nicht, denn was tuts wenn die LEDs beim Einschalten eventuell man für ein paar µs (oder weniger) aufblitzen. Bei einer Motorbrücke macht so ein Widerstand gegen GND aber Sinn.