Hallo zusammen und danke für die vielen Tips, die ich bekommen habe,

ich habe jetzt den Aufbau etwas verändert und die Störungen auf den Endschalterleitungen sind behoben.
Ausserdem wird der MOSFET jetzt nicht mehr so heiss, wie vorher.

Was ich getan habe ist folgendes:
die gesamte Leistungsstufe habe ich komplett überarbeitet und direkt am Motor untergebracht. Den FET steuere ich nun über einen Optokoppler an, so das ich die Ansteuerung nicht invertiren musste. Der Collectoranschluss des Optokopplers liegt über einen Spannungsteiler auf 12V, der Emitter schaltet das Gate des FET, der über einen 470Ohm Widerstand auf Masse gezogen wird.
Ferner habe ich die Versorgungsspannungsleitungen durch einen Ringkern gezogen und am Motor noch mal 2 dicke Elkos mit je 2000µF und zwei normale Kondensatoren mit je 100nF gepuffert.
Die Diode über den Motor habe ich durch eine 1N4948 ersetzt (1A 100-500µS 1000V).
Dadurch habe ich die Störspitzen in der Leitung nahezu eliminieren können.
Die Endschalter habe ich jetzt gegen Masse geschaltet und mit PullUp Widerständen versehen anstatt wie vorher gegen +5V und PullDown Widerständen. Um meine Software im Controller nicht ändern zu müssen habe ich sie jetzt als Öffner angeschlossen.

Alles in allem haben diese Änderungen eine Menge gebracht, ohne den Aufwand einer zusätzlichen Entstörung ins Unermessliche zu treiben.

Bei Bedarf zeichne ich gerne mal die Schaltung so wie sie jetzt ist.

Noch mal vielen dank an alle die ihren Teil dazu beigetragen haben.

Florian