Erstmal danke für die Antworten!
Das mit den Interrupts funktioniert jetzt mal grundsätzlich. Warum weiß ich leider nicht? Hab den ganzen Quellcode in ein neues Projekt kopiert und das Problem war weg.

Leider schaltet die Schaltung immer noch ab, auch wenns jetzt noch etwas länger dauert. Also genauer gesagt springt das Programm in die Funktion die aufgerufen wird man die Stop-Taste drückt. Passiert auch nicht immer zur selben Zeit. Muss aber erst genauer schauen wo jetzt noch ein Problem sein könnte. Passiert halt immer nach ca. 1.000.000 Cycles +/- 200.000. Daher ist es fast nicht möglich das solange Zeile für Zeile anzuschauen.

Ich meld mich wenn ich was weiß!!

Trotzdem danke erst mal.

Stefan