Also ich hab das problem so wies aussieht gelöst, auch wenn mir die Ursache des Problems noch nicht ganz klar ist.

Wie schon in meinem vorherigen Post geschrieben, bekomme ich einen Stack Overflow.
Dieser ist "scheinbar" nur aufgetreten, wenn die eine Kommunikationsroutine über den Interrupt der anderen unterbrochen wurde.
Ich spreche hier nicht von den Interrupts selber, die lediglich einen Puffer füllen, sondern von der Auswertung der Daten im Puffer.
Nachdem ich jetzt in der Kommunikationsroutine, die über UART1 mit der Motorsteuerung Daten austauscht, den UART0 Interrupt deaktiviert, und bei erfolgreicher Beendigung wieder aktiviert.
Und es scheint einwandfrei zu laufen. Zumindest seit 30min
Ich hoffe mal, der läuft auch noch länger.

Danke für eure Hilfe