Auf Dauer wird man kaum um ISP herumkommen. Per Bootloader kann man z.B. nicht die Fuses verstellen (ist gut für Anfänger, fehlt einem später aber). Aus neue Chips muß man einen Bootloader erst aufspielen, z.B. per ISP. Wenn man schon einen ISP Programmierer hat kann man den auch ruhig benutzen. Der Bootloader hat vor allem den Vorteil, das man nicht unbedingt die Kabel umstecken muß.