Ok.
Bei der Umsetzung in C kann ich dir wohl nicht helfen, aber ich kann ja mal meine Auswertung bescheiben.
Empfänger mit 5Vversorgen, PPM signal suchen (Empfänger öffnen-> Datenblatt vom IC suchen->PPM rausführen; wenn du es nicht selbst findest, kannst du ja die Bezeichnung hier posten).
Das PPM Signal am AVR auf INT0/1/2 legen.
Nun Timer und Interrupt konfigurieren. Variable für Kanal und für die einzelnden Kanäle.
Wenn der Interrupt ausgelöst wird, guckst du ob Kanal 1 (usw.) ist, wenn ja, dann schreibst du den Timerwert in die Variable für den Kanal (Kanal_1) danach erhöhst du die Variable um 1, damits weiter geht.
Danach frag ich ab ob der Timerwert größer als 3ms ist, wenn ja setz ich Kanal auf 1 (Pausenerkennung) und das wars.
Vielleicht verstehst du, wie ich das meine und kannst was mit anfangen