Wenn man dem CTBGA256 gehäuse nicht viel anfangen kann, sollte man sich erst man überlegen ob man die auch löten kann. Selbst wenn man die Platine machen läßt, wäre ich nicht sicher ob alle die auch löten können, die Pins sind nämlich unter dem Gehäuse und lassen sich nicht mehr von Hand löten und auch nur schwer komtrollieren.

Die Pins die Eagle schon verbunden hat sind sehr wahrscheinlich GND und VCC. Wenn man an die entsprechenden Pins was anderes anschließt sollten die Verbindungen zu den anderen Pins auch wieder weggehen. In der Regel sollte man die Verbindungen aber so lassen. Interessant wird es manchman mit der GND Verbindung zwischen mehreren ICs.