Den HVG benutzt man nur, wenn man seinen Verbraucher nicht gegen GND schalten kann. Um die Spannung an dessen Ausgang zu messen würde ich aber auf jeden Fall der Verbraucher an- und gegen dessen HV-Quelle schließen. Hast Du das gemacht? Keine Ahnung, was man sonst misst.
Hast Du die AVR Pins richtig konfiguriert? (DDRD |= (1<<PD1) | (1<<PD2); und PORTD |= (1<<PD1) | (1<<PD2));?
CBoot ist auch drin?