Hat zwar jetzt nicht direkt mit Deinem Problem zu tun aber...

Wenn Du deinen Microcontroller tatsächlich aus dem USB Port speisen willst musst Du in dieser Beschaltung sicherstellen, das der Controller in den SLEEP Modus geht sobald der PWREN# aktiv wird.
Sonst braucht der Controller zu viel Strom.
Im Datenblatt des FT232 ist noch eine andere Schaltung mit einem P-Kanal Mos Fet die ich verwendet habe, weil ich auch noch andere elektronische Komponenten auf der Platine aus der USB speisen wollte.