Ich würde dann die Einspeisung starten, einen schnellen Timer zählen lassen und wenn der Komparator (mit geeigneter Vergleichsspannung) eine Flanke auslöst, einen externen Interrupt auslösen und den Timerwert notieren.
So kann mans auch machen.
Eigentlich dachte Ich den A/D Konverter mit der maximal möglichen Geschwindigkeit laufen zu lassen und den Komperator Interrupt lediglich zum Abschalten der Speisespannung zu verwenden.

Wenn Du übrigens eine PWM tiefpassfilterst und diesen Wert als Vergleichswert auf den Komperator gibts, kannst Du den Abschaltestrom programmieren.