also die *.elf dateien sind die aus denen die *.hex gemacht werden, die du dann auf den RP6 überträgst.
schau in deinem makefile wo elf auftaucht und ob da irgendwas nicht so geschieht wie geplant.
ansonsten:
wie wurde das makefile denn erstellt? - selbstgemacht, aus einem alten projekt übernommen oder automatisch?