Die Thermospannungen sind recht klein, aber wenn man keine ganz hohe Auflösung braucht kann man auch so kleine Spannungen Multiplexen.

Die Übertragung mit dem max6675 sollte gut gehen. Die SPI-Schnittstelle kann relativ einfach als Bus zusammengeschaltet werden: SO und SCK von allen Chips zusammenschalten, und jeweils einen der Chips auswählen indem CS/ auf low kommt. Das könnte z.B. ein 74HC138 erledigen. Dann bräuchte man nur noch 5 Leitungen für bis zu 8 Chips. Das Wird vermutlich einfacher und genauer als der Umweg über PWM.

Bei so vielen Kanälen wäre auch ein AD Wandler mit 8 Kanälen eine Alternative. Ein Kanal könnte die Referenzlötstellen Messen und die Kompensation wäre dann in Software. Das sollte günstiger als 6 mal max6675 werden.