Hmm OK, also mit PonyProg kann man scripten, allerdings nur innerhalb von Pony selber:
Ich hab als Anwender schon mal mit so einem Script gearbeitet.
Selber geproggt hab ich noch keins.
Man schließt den zu Proggenden Controller an den PC an und startet Ponyprog mit der Angabe des Script Files.
Daraufhin wird der Controller komplett geproggt - sehr viel schneller gehts kaum.

Die Programmiergeschwindigkeit ist auch vom verwendeten Programmer abhängig. Mit dem AVR USB MK2 gehts mit den richtigen Einstellungen sehr schnell. Ich würde ind deiner Ziel Applikation auf jeden Fall eine ISP Schnittstelle vorsehen, dann brauchst Du den Controller zum Proggen nicht mal auszubauen.
Die Fuses brauchen ja nur einmal richtig eingestellt werden, das seh ich jetzt nicht wirklich als Problem.