Hallo,
schau Dir die Beschreibung von AVRDude durch, da sind alle Parameter angegeben, die Du brauchst um von DOS aus auf zu rufen. Daraus ein bat zu machen ist dann nicht mehr schwer.

Nachdem es sich "nur" um mehrere Dutzend Kontroller handelt würde ich noch nicht mit einer automatischen Umschaltung arbeiten. Das ist mehr Aufwand, als 'zig mal umschalten.