GND---------------- E | + -----------GND

Das wird bestimmt auch nicht funktionierten. Wie soll dann etwas gesendet werden, ohne Spannungsunterschied???


Einfach deine erste Variante:

+5v --470Ohm--- + D ------- An Atmega88 mit internen Pullup
GND ---------------- E + -----470Ohm-----+5v


und die +5v oben links nach GND setzten:

GND ---470Ohm--- + D ------------------------An Atmega88 mit internen Pullup
GND ----------------- E + --------470Ohm-----+5v


Und wenn die Widerstände beide links sind sieht es auch opitsch gut aus


GND --- 470Ohm --- +D ---------- An Atmega88 mit internen Pullup
GND --- 470Ohm --- E+ ---------- +5v