Zum Funkkontakt könntest du eine Boje an der Oberfläche mitziehen, dort ist dann die Antenne. Allerdings wird der Signalverlust durch die Kabellänge schon nicht zu klein sein.
Als Failsavesysteme hab ich schon oft Bojen gesehen, die per Magnetverriegelung am Boot befestigt sind. Bei einem Totalausfall fällt der Elektromagnet ab und setzt damit die Boje aus. An ner Leine steigt die auf und markiert so Position und bringt noch ne Rückholmöglichkeit mit. Im Fall eines Wassereinbruchs kann der Controller das natürlich auch selbst auslösen, parallel zum Lenzen der Tanks. Wenn man dann noch ne starke LED mit Blitzschaltung und Batterie in die Boje baut und das mit Signalfarben anstreicht, könnte das was werden. Natürlich muss der Auftrieb reichen, damit das Ding mit dem kompletten Kabel die Oberfläche erreicht. Und natürlich klappts nur soweit, wie die Leine lang ist.

Beschleunigungssensoren gibts übrigens auch bei Freescale als Sample, ich mag die Firma.

Warum nutzt du eigentlich viele 60ml Spritzen? Es gibt auch 200ml Spritzen im Fachhandel, die bauen aber wahrscheinlich länger.

Für die Motoren würde ich dir eher zu Brushless Motoren und einem geeigneten Steller aus dem Modellbau raten, die kosten zwar nicht wenig, aber machen dann problemlos 80A mit, sind vergossen, sodass auch kein Problem mit Feuchtigkeit entsteht und haben einen höheren Wirkungsgrad /bauen kleiner bei gleicher Leistung.
Wie stellst du dir die Steuerung vor, konventionell mit einer Schraube, Rudern und Ballasttanks?