Wenn es mit Akkus das selbe ist, scheidet das Netzteil schon mal aus. Wenigstens ein kleiner Elko (z.B. 100 uF) sollte aber mit auf die Platine, damit nicht so viel Wechselstrom über die externen Kabel fließt.

Wird nicht die Ursache für das beschriebene Problem sein, aber der OP07 ist ein relativ langsamer Präzisions OP. Mich wundert schon das das Stromsignal so gut aussieht. Der Tiefpass hinter dem OP ist ziehmlich Niederohmig, das kann Grund für die Überschwinger sein. Besser wäre es gleich die Bandbreite des Verstärkers zu Begrenzen (2 Kondensatoren parallel zu den 10 K Widerständen).

Wenn die Chopperfrequenz immer noch so niedrig ist wie auf den Scope Bildern oben, dann könnte es sein das die Chopperfrequenz zu niedrig ist und in die Größenordnung der Schrittfrequenz kommt. Das Video ist zwar hübschm aber auf den Scope Bilder oben kann man mehr erkennen.