Ich halte Phase-shopping für die bessere Wahl. Besonders bei relativ hoher Versorgungsspannung bekommt man bei Inhibit Chopping ziehmlich viel Welligkeit in den Phasenstrom. Im Prinzip wird dadurch die maximale Spannung begrenzt.
Den Vorteil der etwas höheren Geschwindigkeit sollte man nur haben, wenn man stur am Mikrschritt Betrieb festhält, wenn bei höheren Geschwindigkeiten auf Vollschritt umschaltet sollte es kaum einen Geschwindigkeitsvorteil bringen, denn dann hat man effektiv kein Chopping mehr, weil bei den hohen Frequenzen an der Geschwindigkeitsgrenze der Sollstrom nicht mehr erreicht wird.

Das die Low side treiber etwas wärmer werden, ist normal, denn da fließt ja weiter der Strom in den Ausphasen. Das gleiche sollte auch für die Freilaufdioden gelten. Wenn die high side Treiber heißer werden (trotz gleicher Fets) ist das ein Zeichen für zu langsame Freilaufdioden, oder Fehler im Timing..