Die meisten karten werden so erkannt wie auf dem mainboard. Für die normale übertragung funktionieren sie auch alle. Am ehesten wird das Bitbanging je nach Software (Ponyprog, avrdude,..) Probleme machen.

Es aber so aus al wären da schon die Schnittstellen auf dem MB. Es fehlen also nur die Slotbleche mit den Steckern. Manchmal sind die sogar noch in der Kiste, oder die vom alten Rechner passen.

Die ganz billigen Karten basieren oft auf Standartbauteilen und funktionieren meistens. Problematisch sind da eher die teuren Karten, die Versuchen irgendwelche extrafunktionen zu liefern (z.B. 4 fach RS232, extra schnell).
Besonders anschaulich ist das bei LAN-karten:
Realtek basiere Einfachkarten: ohne Probleme
"intelligente" Karten mit etwas Beschleunigung: Probleme, keine Treiber für Linux