Durch einen Kurzschluß sollte der Controller nicht so schnell kaputt gehen, vor allem weil ja der Programmierer wohl da einen Schutzwiderstand haben sollte. In diesem Fall reicht es den SCK Pin zu zerstören, dann geht ISP nicht mehr, ist aber eher unwahrscheinlich.
Ich würde auf unabsichtlich verstellte Fusebits tippen.

Der mögliche Lichtblitz kommt mir komisch vor, das könnte am ehesten von einer LED kommen. Von Wideständen würde ich keine Licht erwarten. das kenne ich höchstens von Dioden im Glasgehäuse, wenn die wirklich viel Strom (>1 A) abbekommen. Es konnte eventuell eine Elktrostatischen Entladung gewesen sein, wobei eine derart starke Entladung dann auch den Controller zuerstören kann.