Naja, wenns immer mit dem SPI Programm zusammenhängt, wäre es eine Erklärung, dass beim Init ein Kurzschluss entstanden ist, zum flashen werden nämlich auch die Pins benutzt, wie für den HW-SPI. Wenn Dein Programm also sofort zu kommunizieren beginnt, wenn sie noch am ISP hängt, kanns vielleicht zu einer Datenkollision kommen.

Ein Lichtblitz kann bei einer solchen Schaltung (5V) nur entstehen, wenn irgendein dünner Leiter durch einen Kurzschluss zerstört wird.