Na ja, Du kannst etwas tricksen, wenn du noch einen Timer mit 2 Output-Compare-Registern frei hast (wie z.B. Timer 1 beim Mega:

Du aktivierst beide Output-Compare-Interrupts. In der ISR des ersten Output-Compare (OCR1A) setzt Du einen Port auf 1, und in der ISR des zweiten (höheren!) Output-Compare (OCR1B) setzt Du den Port wieder auf 0 und resettest den Timer, der wieder von 0 anfängt zu zählen.

Damit kannst Du die Frequenz mit OCR1B puderfein einstellen, und das Tastverhältnis ergibt sich aus (OCR1B-OCR1A)/OCR1B.