Zu 1. Das board mag mit 12V gefüttert werden, hat aber einen 5V Spannungsregler, der praktisch die ganze Platine mit dieser Spannung versorgt. Sieh dir dazu auch mal den Schaltplan an.
Zu2. Ist denn ein bootloader drauf? Falls ja, dann müßtest du dich auch an der RS-232 Schnittstelle dranklemmen, die ist auf deinem Foto gerade links unten, besteht aus 3 Pins und es steht auch RS-232 dran.
Zu 3. Was da piept könnte eine Fehlermeldung von Ponyprog sein die vom Notebook erzeugt wird.
Zu 4. ISP ist seriell, genau wie USB oder RS-232. Zur Kommunikation zwischen 2 Geräten ist der Spannungspegel bei ISP und USB aber nur 5 Volt, bei RS-232 aber plus/minus 12 Volt. Lies das doch einfach mal bei Wickipedia und Co nach (Google).
Google auch mal nach Ponyprog und schau welche Programmieradapter von dem Programm unterstützt werden. Hier ist einer der links:
http://www.amateurfunkbasteln.de/ponyprog/ponyprog.html
IMHO war Ponyprog für einen Paralleladapter vorgesehen (am LPT Port) aber es gibt wohl auch einen serial Adapter. Auch bei AVR solltest du was
über Adapter finden. Ich selbst benutze ein STK500.