Ok, lege mal den Nullpunkt auf die Mitte der Achse..
Wenn die Z falschrum fährt .. davon gehe ich mal aus.
.Fährt der Edding zunächst schnell 10 Runter um dann langsam wieder hochzufahren .. um am Endpunkt mit dem Malen zu beginnen.
In dem Fall ist die Z in Mach3 zu invertieren... Ich denke das läßt sich finden. Ich schätze das ist direkt bei der PIN-Konfiguration zu machen.

Dein Programm erwartet eine Invertierte Z .. soviel ist nun sicher.

Anders.. Wenn die Z Richtig invertiert ist.. nur der Edding zu Tief fährt ..müßte am Null-Punkt gefeilt werden.

1/2 1/4 Schritt.. das wirkt sich vermutlich nicht sehr auf das Drehmoment aus.
Die Steuerungen arbeiten z.T. mit einem Zwischenschritten .. was dann faktisch die selbe Kraft wie 1/2 Schritt bedeutet.
Aber bei deinem derzeitigen Netzteil würde ich mir solche Experimente aufsparen.
Einen Gewinn an Drehmoment bedeutet das nämlich nicht.

Viele Grüße
Christian