Wenn du den Motor im Vollschrittmodus betreibst, dann wechsel auf Halbschritt.
Das reduziert die Vibrationen schonmal.

Was mehr bringt (zusätzlich) ist dem Motor nen Schwingungsdämpfer zu verpassen.
Die einfachste Version wäre ein Stück Gummi zwischen Motor und Unterlage, eine andere ein externer Schwingungsdämpfer, wenn dein Motor zwei Wellenenden hat.