Hallo,

der RP6Loader besteht aus zwei Teilen: Der Software auf dem PC UND einem kleinen Programm für den jeweiligen Controller!
Das wurde so gemacht, damit Kommunikation (writeString usw.) UND Programmierung über ein gemeinsames Interface laufen können. Ausserdem ist so sichergestellt, dass niemand versehentlich die Fusebits umprogrammieren kann und so den Controller evtl. unbrauchbar macht (sprich: Oszillator falsch konfiguriert, ISP Interface deaktiviert o.ä.).

Um einen neu gekauften ATMEGA programmieren zu können, braucht man einen ISP Adapter.
Das kann man durchaus auch über das RP6 USB Interface laufen lassen wenn man es passend anschließt, aber das dauert sehr lange.
Das liegt daran, das die gängige ISP Software (z.B. Ponyprog) für normale serielle Schnittstellen (oder ISP Programmiergeräte mit eigenem Mikrocontroller) geschrieben wurde, das USB Interface aber eben über USB läuft. USB hat eine deutlich höhere Latenz als die "echten" seriellen Schnittstellen und daher ist das gezielte umschalten der Signalleitungen recht langsam.
Ist eigentlich nur sinnvoll um einmal einen Bootloader drauf zu laden und dann damit zu arbeiten.

MfG,
SlyD

PS:
Der C Compiler der für den RP6 verwendet wird ist DER standard C-Compiler für AVRs. Als Quelltexteditor kannst Du alles verwenden was ASCII Text verarbeiten kann (PSPad, Proton, Code::Blocks, Dev-C++...) - PN2 wird halt mit WinAVR mitinstalliert.
Kannst aber z.B. auch AVRStudio verwenden.