Mit Spannungen messen meinte ich die Betriebsspannung des Mega128.
Ganz ohne Kenntnisse ist es sicher sehr schwierig das Problem zu erkennen und noch schwieriger zu beheben.
Mit Takt meinte ich ein Signal z.B. von einem Funktionsgenerator, oder du baust dir einen Taktgeber mit einem NE555, auf den Pin XTAL1 des µC zu legen.