Ein extra kleiner Trafo hat auch noch ein Problem: der braucht noch mal etwa 1 W im Leerlauf. Möglich wäre ein kleiner DC/DC wandler, entweder als fertiges Modul oder wenn man unbedingt will auch im Eigenbau. Die trennung macht dann ein kleiner Ferrite Trafo.

Man kann die Spannungen an den Shunts aber auch mit einem Differenzverstärker auf ein anderes Niveau bringen und dann den Haupttrafo nehmen.