Da der PC mit dem stk500 vernünftig labern kann, kommt eigentlich nur noch die Verbindung zum Zielprozessor-Sockel in Frage.

"Sonderbar ist auch, dass bei mehrfachem Click auf Lesen von Fuse- oder Lockbits sich die Werte willkürlich ändern".

Hast du auf den Port Pins noch Kabel stecken (Kapazitäten), dann schmeiss die mal runter. Ist das 6-polige ISP-Kabel OK? Lose Kontakte? Tausch es doch mal aus. Ein 10-poliges, mittig eingesteckt, tut es testweise auch.
Sonst kommen IMHO nur noch die Doppeltransistoren Q900 & Co., bzw. Q203 für den Reset, in Frage, aber dann brauchst du ein Scope zum checken der Impulsformen.
Benutzt du das AVR-Studio?