Man sollte wirklich die Frequenz direkt vom Controller messen. Wegen der Niedrigen Frequenz sollte der interne Pullup im Controller reichen. Sonst noch ein Widerstand gegen VCC vorsehen. Für maximale Auflösung sollte der (bzw, einer von mehreren) ICP Pins benutzt werden.
Mit Bascom kenne ich mit nicht so sehr aus, aber so kompliziert sollte das nicht sein. Da wird man bestimmt Lösungen zur Freqwunzmessung finden.