Das sieht ein bischen danach aus, das irgentwie 50 oder 100 Hz vom Trafo in die Schaltung einkopplen. Sinnvoll wäre es eventuell auch bei IC1B schon eine Kondensator vom Ausgang zum invertierenden Eingang zu haben.
Wenn es wirklich 50 Hz (oder 100 Hz) sind, sollte man das mit dem AD wandler auch direkt erkennen. Man sollte dann die Software so schreiben, das die werte vom AD wandler üner einen Zeit von 20 ms oder einem Vielfachen davon gemittelt werden. Dadurch kriegt man eine sehr gute Unterdrückung von 50 Hz Störungen hin, besser als mit dem einfache RC filter.