Wenn es alles nicht das ist, was hier gemutmaßt wurde, vielleicht liegt es ja am Messgerät selbst.
Am besten würde man das erfahren, wenn man den µC als Messgerät nimmt und die Spannungen einfach mal aufzeichnet, um zu sehen, ob er die Schwingung auch misst.
Sind die Leitungen denn geschirmt?
Oder einfach mal ein "richtiges" Oszi dranhängen...
Gruß