Hallo Andreas,

die Steuereingänge der Schrittmotorsteuerung sind sogenannte TTL-Eingänge. Der 1-Zustand entspricht 5 Volt, der 0-Zustand eben 0 Volt.
Da der PWM-Ausgang der USB-Karte open-collector ist, kann sie nur aktiv auf 0-Volt schalten. Der 1-Zustand entspricht hier so viel wie "nicht angeschlossen". Also bekommt die Schrittmotorsteuerung während des 1-Zustands kein gültiges Signal. Der 2,7 kOhm-Widerstand stellt in dieser Phase ein 5-V-Signal zur Verfügung.

Möglicherweise sind aber auch die anderen Ausgangssignale open-collector.
Das könnte das Problem sein. Es schadet jedenfalls nicht auch diese Ausgänge mit 2k7 auf 5 Volt zu ziehen, selbst wenn diese kein Open-collector sind.

Grüße
Robert